Волшебный мир погружается в пучину открытого противостояния: Министерство магии вынуждено публично признать возвращение тёмного лорда, но уже не способно сдерживать террор. Пожиратели смерти наносят удары по обоим мирам — похищают мастера палочек Олливандера и разрушают Лондонский мост. На фоне этой паники шестнадцатилетний Гарри Поттер возвращается в школу чародейства и волшебства, где его ждёт очередной учебный год, полный не только привычных уроков, но и куда более опасных тайн.
Тем временем в стане врага разворачивается своя драма: после заключения Люциуса Малфоя в Азкабан тёмный лорд возлагает на его сына Драко секретную миссию, от успеха которой зависит жизнь юноши. Нарцисса Малфой и Беллатриса Лестрейндж тайно встречаются с Северусом Снеггом, и тот приносит Непреложный обет — защищать Драко и довершить его задание, если тот не справится. В школе же происходят перестановки: место профессора зельеварения занимает вернувшийся на службу Гораций Слизнорт, а Снегг наконец получает желанную должность преподавателя защиты от тёмных искусств.
Гарри случайно становится обладателем старого учебника по зельеварению, испещрённого пометками загадочного владельца, называвшего себя Принцем-полукровкой. Благодаря этим записям юноша не только становится лучшим на курсе и завоёвывает расположение Слизнорта, но и получает флакон жидкой удачи. Параллельно в жизни героев кипят подростковые страсти: Рон сближается с Лавандой Браун, вызывая ревность Гермионы, а сам Гарри всё сильнее проникается чувствами к Джинни Уизли, которой приходится разорвать отношения с Дином Томасом.
Однако главные события разворачиваются вокруг Дамблдора. Директор методично готовит Гарри к решающей схватке, погружая его в воспоминания о юном Томе Реддле и добиваясь от Слизнорта подлинного воспоминания о крестражах — предметах, хранящих фрагменты души тёмного мага. Когда нужное воспоминание наконец получено, Дамблдор и Гарри отправляются в далёкую пещеру, где после тяжёлых испытаний добывают медальон Слизерина. Но по возвращении в школу выясняется, что это лишь подделка.
В стенах замка тем временем готовится ловушка: Драко через тайный шкаф в Выручай-комнате впускает Пожирателей смерти. Загнанный в угол Дамблдор обездвиживает Гарри под мантией-невидимкой, и когда юный Малфой не решается на убийство, Снегг наносит смертельный удар. В последовавшей схватке Северус открывает Гарри свою тайну — именно он был тем самым Принцем-полукровкой. После бегства врагов Гарри обнаруживает послание в поддельном медальоне и вместе с Роном и Гермионой принимает решение не возвращаться в школу, чтобы отыскать и уничтожить оставшиеся крестражи.
